Жанна, услышав очередную сплетню о том, что мужа в военном походе, сопровождала хорошенькая женщина, болезненно скривилась. Ей казалось, что Господь отвернулся от нее и, скорее всего, из-за того, что она является католичкой. Все больше раздумывая над вопросом веры, королева Наваррская склонялась к мыслям, что ей нужно стать протестанткой.
Но Жанна д’Альбре ошибалась, так как смена веры не только не помогла ей стать счастливой, но еще больше увеличила пропасть между ней и супругом.
В 1560 году Жанна сменила католическую веру на протестантскую. Ее муж Антуан де Бурбон, будучи протестантом, изначально отнесся к произошедшему с пониманием, но уже вскоре его мнение резко поменялось. Дело в том, что спустя год, он решил стать католиком, тем самым заслужив одобрение и Екатерины Медичи и папы римского.
Став католиком, Антуан решил, что его жене нужно снова стать католичкой, но не учел, что Жанна начала черпать в новой вере силы и отдаваться ей с той же пламенной страстью, как когда-то ему. На предложение Антуана, Жанна яростно воскликнула:
-Если бы у меня по одну руку была моя Наварра, а по другую — мой дорогой сын, я скорее бы кинула их обоих в морскую пучину, чем предала бы свою веру!
Антуан был неприятно поражен. Ему вообще не нравились изменения в Жанне. Некогда веселая, смешливая, легкая на подъем и уступчивая жена превратилась в вечно недовольную, сварливую упрямицу. Он отказывался понимать, что все эти изменения произошли из-за него, ему проще было винить ее.
Решив наказать Жанну за непослушание, Антуан запретил ей посещать протестантские службы, но она все равно нарушала запреты. Муж часто отсутствовал дома, а она тайно ходила на собрания. Когда до Антуана донесли, что жена не выполняет его приказы, он взбесился и отвез непокорную в Париж.
В столице муж поселил жену в дворце своего приятеля. Конечно, Жанна не сносила все молча. Не в ее характере было покоряться, когда душа протестует. Супруги постоянно скандалили. Бурные выяснения отношений, подорвали здоровье наваррской королевы. Ей было так плохо, что окружающие даже начали думать, а переживет ли она ближайший год?
Она пережила этот период и начала сближаться с Екатериной Медичи. У королевы были свои планы на одержимую гугенотку, с ее помощью она планировала подписать соглашение с протестантом Конде. Но планам осуществится было не суждено, так как Антуан, поняв, что Жанна неплохо устроилась в Париже, отправил ее в Вандомский замок, тем самым разлучив с сыном, которого держал при себе.
Отъезд Жанны спровоцировал нападение армии Конде на Орлеан. Гугеноты быстро завладели этим городом, а потом и другими небольшими городками, стоящими у них на пути. Началась религиозная война.
А вскоре до Антуана донесли, что в Вандоме гугеноты напали ограбили собор Святого Георгия, после чего варварски разрушили гробницы, вытряхивая оттуда останки усопших людей. Там покоились родители Антуана… Для него случившееся было сильным ударом и он решил обвинить во всем Жанну.
Разумеется, она не участвовала в вандализме, но муж ее упрекал, в том, что она не противостояла толпе религиозных фанатиков.
Де Бурбон планировал заточить жену в крепость, но не получилось, наваррская королева вернулась в Беарн, а Антуан оказался занят поручением Екатерины Медичи — отвоевать обратно захваченные гугенотами земли.
Война оказалась для него последней. Антуан де Бурбон всегда сражался, как простой солдат, не прячась, а выступая в первых рядах. Он был ранен шальной пулей. Врачи подумали, что ранение не смертельное, но извлечь пулю не вышло. С каждым днем Антуану становилось все хуже.
Понимая, что он вот-вот испустит дух, Антуан слал Жанне весточки приехать к нему. Но она не приехала. Или не успела или не захотела. К тому моменту муж из любимого человека уже был заклятым врагом.
17 ноября 1562 года 44 летний Антуан де Бурбон скончался.